Od roku 2000 Arboretum leśne realizuje projekt Archiwum klonów drzew cennych Polski zachodniej. Projekt ten jest wspólnym przedsięwzięciem jednostek Lasów Państwowych, podjętym w ramach „Programu zachowania leśnych zasobów genowych i hodowli selekcyjnej drzew leśnych w Polsce na lata 1991-2010” oraz „Krajowej strategii ochrony i umiarkowanego użytkowania różnorodności biologicznej”.

Podstawowym celem stworzenia Archiwum klonów jest zachowanie oraz pomnożenie bogactwa i różnorodności najcenniejszych zasobów genowych ekosystemów leśnych zachodniej Polski. Poza funkcją ochronną i zachowawczą obiekt spełnia również ważne zadania gospodarcze będąc uniwersalną i bogatą bazą pozyskiwania materiałów wyjściowych do rozmnażania genotypów dla celów hodowlanych, ochronnych i naukowo-badawczych.

W latach 2001-2004 w Arboretum wyhodowano materiał roślinny z 3252 drzew matecznych, 1819 drzew zachowawczych oraz ponad 100 najcenniejszych drzew pomnikowych zlokalizowanych na terenach leśnych zarządzanych przez jednostki PGL Lasy Państwowe. Zasoby te są zabezpieczone w postaci sadzonek, które zostały ulokowane na powierzchniach w Arboretum. Archiwum klonów, będące swoistym żywym bankiem genów, jest jednym z największych obiektów tego typu w Polsce.

Archiwum klonów w Arboretum Leśnym założono z gatunków takich jak:

- Świerk pospolity (Picea abies (L.) H. Karst),

- Modrzew europejski (Larix decidua Mill.)

- Sosna zwyczajna (Pinus sylvestris L.)

- Sosna czarna (Pinus nigra Arn.)

- Daglezja zielona (Pseudotsuga menziesii Carriere)

- Buk pospolity (Fagus sylvatica L.)

- Olsza czarna (Alnus glutinosa Gaertn.)

- Brzoza brodawkowata (Betula pendula Roth.)

- Jodła pospolita (Abies alba Mill.) – populacja drzew zachowawczych jodły sudeckiej z terenów Nadleśnictw Kamienna Góra, Szklarska Poręba i Śnieżka. Lata 1999-2001.

- Świerk pospolity (Picea abies (L.) H. Karst) – populacja drzew zachowawczych świerka istebniańskiego pochodzącego z terenu Beskidu Śląskiego.